分子量測定是蛋白質生化特性分析中重要的參數，在分析重組蛋白質或確認蛋白質藥物的品質時相當有用。所測得的分子量也許會與理論值吻合，若不相同，可能是蛋白質的一級結構上發生了修飾或樣品組成是一混合物。結合Top-Down分析技術，可以藉此分析蛋白質N端、C端序列，甚至鑑定出相關的修飾。分子量測定除了可用來確定樣品中的蛋白質身分外，亦能判斷不純物的存在，並獲得轉譯後修飾(PTMs)的資訊。其他更為詳盡的分子特徵分析，如蛋白質次結構基團的質量與醣基化程度等亦能透過分析不同的樣品製備方式(有無去醣基化)所達成。分子量測定對研究人員來說，經常是分析重組蛋白(包括單株抗體(mAbs)等醣基化蛋白質)的第一步，對生物製劑的品質確認來說相當重要。